Occurrence et dissémination de l’indicateur de contamination fécale Escherichia coli dans le bassin du Mékong: effets des facteurs environnementaux et humains

Soutenance d’Habilitation à Diriger des Recherches de Laurie Boithias.

Résumé: Les pathogènes fécaux présents dans les eaux de surface peuvent menacer la santé humaine, en particulier dans les pays en développement, où les eaux de surface sont souvent utilisées pour les besoins domestiques sans traitement préalable. L’objectif de la recherche présentée dans ce manuscrit était d’évaluer la présence d’E. coli, en tant que bactérie indicatrice de contamination fécale, dans un hydrosystème tropical, le bassin du Mékong au Laos, et de mieux comprendre les facteurs environnementaux et humains de la dissémination d’E. coli, ainsi que son impact sur la santé humaine.

L’approche méthodologique mise en œuvre ici associe le suivi long-terme de variables environnementales, des expérimentations, et de la modélisation, appliqués à une gamme d’échelles spatiales et temporelles. La recherche s’appuie largement sur les données produites par l’observatoire de la zone critique M-TROPICS.

La contamination fécale des eaux de surface est ubiquitaire tout au long de l’année dans le bassin du Mékong au Laos, et la contamination augmente pendant la saison des pluies. Les facteurs de dissémination d’E. coli sont les précipitations, les usages des terres et l’encroûtement du sol qui en résulte, le ruissellement de surface, l’érosion du sol et la dynamique des matières en suspension, ainsi que des propriétés partiellement intrinsèques de la bactérie, telles que le taux de dégradation et le coefficient de partage entre bactéries libres et bactéries attachées aux particules. Cependant, le risque pour la santé humaine n’est pas nécessairement le plus élevé pendant la saison des pluies. Au contraire, le risque pour la santé est plus élevé pendant la saison sèche, lorsque les populations utilisent des sources d’eau informelles telles que l’eau de la rivière ou des puits non protégés pour leurs besoins domestiques.

Dans le chapitre Perspectives, je présente les orientations futures que j’envisage pour mes recherches, toujours dans le cadre de l’approche One Health : (1) évaluer les facteurs de la dissémination de la résistance microbienne aux antibiotiques, (2) identifier le rôle des flux de subsurface et des fluctuations des niveaux de nappe sur la dissémination des pathogènes fécaux, (3) évaluer l’impact de l’intermittence des cours d’eau sur la dissémination des bactéries, (4) évaluer l’utilisation des données satellitaires pour cartographier la qualité de l’eau, et (5) améliorer les modèles à l’échelle du bassin versant.

Le jury sera composé de:
Fabienne PETIT (PR Université Rouen Normandie, M2C) – Rapportrice 
Françoise LUCAS (PR Université Paris-Est Créteil, LEESU) – Rapportrice
Julie LELOUP (MC Sorbonne Université, iEES Paris) – Rapportrice
Emma ROCHELLE-NEWALL (DR IRD, iEES Paris) – Examinatrice 
David LABAT (PR Université Toulouse III, GET) – Examinateur 
Olivier RIBOLZI (DR IRD, GET) – Parrain